* 코로나19 대응체계, 방역대응, 의료대응, 사회대응, 백신 5개 부문

각 기관은 지난 코로나19 위기 종료 이후 감염병 대응·대비 체계 개편을 지속적으로 추진해 왔으며, 이번 감사원 감사 지적 사항도 현재 수립 중인 「감염병위기관리체계 고도화 계획」 등에 적극 반영해 개선할 계획이다.

감사원의 주요 지적사항에 대한 조치 현황 및 개선계획은 아래와 같다.

１ 감염병 위기 대응 과정에서 위기소통·방역조치·백신도입 등 기관 간 협업체계를 보다 명확히 규정하여 업무 혼선을 최소화하기 위해

질병청은 복지부‧식약처 등 관계 부처와 협력을 강화하여, 감염병 재난 시 일원화된 대국민 메시지 전달하고자 질병청 내 디지털·위기소통TF를 설치(’25.7)하였고, 방역당국과 지자체 간 방역 대책 혼선을 최소화하기 위해「공중보건 및 사회대응 매뉴얼」을 제정(’26.上)할 것이다.

또한, 백신 도입의 신속한 의사결정을 위해「백신도입 범정부 협의체 설치 및 운영에 관한 규정(총리훈령)」을 제정(’26.1)하여 부처별 대응체계를 마련한 바 있다.

２ 검역·역학조사 정보 연계와 감염병 대응 역학조사관 양성 및 전문병원 구축 등 방역‧의료 인프라 확충 필요성에 대한 지적에 대해

질병청은 항공기 내 접촉자(승무원 등) 관리를 위해「검역업무지침」을 개정(’25.10) 하였고, 보건소 간 역학조사 협업체계 강화를 위해 방역통합정보시스템을 개선 완료(’26.3분기) 할 계획이며, 역학조사관 양성과 확보를 위한 관련 규정 개정(’25.3)과 인센티브 지원 방안을 지속적으로 모색할 예정이다.

또한, 원활한 전문병원 구축을 위해 적정 부지 확보, 총사업비 적정 추계 등을 철저히 관리하여 권역 감염병전문병원의 신속한 구축을 추진 중이다.

３ 위기대응 의료제품 지정 절차 등 개선이 필요하다는 지적에 대해

식약처는 신종감염병 등에 신속 대응할 수 있도록 공중보건 위기대응 의료기기 지정, 유통 개선 조치 기준 등을 구체화한 절차서를 마련(‘26.5.) 할 예정이다.

또한, 공적 마스크 유통의 공정성 강화를 위해 공적 판매처 지정, 유통가격 설정 등 기준 마련을 논의(’25.12) 하였고, 향후 관계부처 협의 등을 통해 유통 개선조치 해제 등에 대한 구체적 방안을 마련할 계획이다.

４ 사회적 거리두기, 코호트 격리(공동격리) 등의 명확한 기준 및 시행 기준 마련이 필요하다는 지적에 대해

질병청은 과학적 근거에 따른 사회적 거리두기 등의 기준을 명확히 하여「공중보건 및 사회대응 매뉴얼」을 제정(’26.上) 할 계획이다.

또한, 신종감염병 유행 시 코호트 격리(공동격리) 조치가 과도하게 시행되지 않도록 ｢1급 감염병 대응지침｣을 개정(’26.1)하여 지자체에 안내하였으며, 법적 근거 마련을 위한「감염병예방법 시행령」개정*(’26.上)을 추진 중에 있다.

* 전문가 자문회의 개최(’25.12), 시행령 개정안 마련(’26.1)

５ 백신 접종 및 사후관리 등 단계별 안전 관리체계 마련이 필요하다는 지적에 대해

백신 품질이상 발견 시 신고 처리 절차를 위한 연구용역을 완료(’25.10)하고 식약처에 신고 및 품질조사 의뢰 등 구체적인 처리 절차를 마련 중이며, 백신 오접종 관리는 관련 지침과 시스템을 보완하여 개선하였다.

또한, 질병청은 백신의 국가출하승인 결과 확인 후 접종하도록 매뉴얼을 마련(’26.上)하고, 식약처에서는 긴급사용 승인으로 도입되는 백신의 품질검증 제도 도입 및 법적 근거를 마련(’26.5)할 예정이다.

보건복지부장관은 “국민의 전폭적인 협력과 지원으로 코로나19 감염병을 극복하고 일상으로 되돌아올 수 있었다”고 평가하고, “감사원의 지적에 대해서는 관계부처와 협력하여 개선해 나갈 것이다”라고 밝혔다.

식품의약품안전처장은 “전례없는 팬데믹 위기에 대응하는 과정에서 실시했던 조치를 체계적으로 보완하는 등 미래 감염병 위기대응 역량을 강화하여 국민의 안전하고 건강한 삶을 위해 최선을 다해 노력하겠다”고 말했다.

질병관리청장은 “이번 감사원 감사를 통해 기관의 코로나19 대응체계를 객관적인 시선에서 점검해 볼 수 있는 좋은 계기가 되었다”며, “감사원에서 제시한 사항을 반영하여 감염병 위기관리체계 고도화 계획 등을 수립하며, 향후 신종감염병 발생 시 효과적인 대응으로 국민의 건강을 지키고, 사회·경제적 피해를 최소화하기 위해 노력하겠다”고 밝혔다.